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Cet ensemble considérable, confié cependant à la garde de bibliothécaires improvisés, fut rapidement amputé de ses plus belles pièces. L’humidité, la poussière et les rongeurs détruisirent une partie encore de ce que le vandalisme et l’indifférence avaient épargné. Dès lors, la bibliothèque de la ville, créée en 1803, ouvrit ses portes huit ans plus tard (novembre 1811) en offrant 25 000 volumes seulement à la curiosité de ses premiers lecteurs.

Tout au long du XIXe siècle, les collections s’accrurent de façon régulière en raison des achats effectués, mais plus encore grâce à des dons émanant notamment de l’Etat, ainsi que des legs, parfois très importants, si bien que le fonds initial se trouva multiplié par deux vers 1880. Parmi les donateurs les plus remarquables, il convient de citer le baron Louis Numa de Salis, lequel laissa à la ville 124 manuscrits, une vingtaine d’incunables, une collection de parchemins médiévaux, mais aussi plusieurs milliers d’éditions anciennes, de gravures, de dessins.